Proteòmica

  • Separació de proteïnes mitjançant electroforesi monodimensional (SDS-PAGE)
  • Separació de mostres complexes de proteïnes en funció del seu pI (Isoelectroenfoc, IEF)
  • Separació de mostres complexes de proteïnes mitjançant electroforesi bidimensional (2D-PAGE)
  • Immunodetecció de proteïnes de gels mono i bidimensionals (Western blot)
  • Determinació de masses moleculars de proteïnes i pèptids mitjançant espectrometria de masses MALDI-TOF
  • Identificació de proteïnes per empremta peptídica (PMF) i PMF+ MS/MS
  • Separació i identificació de proteïnes de mescles proteiques de complexitat mitjana per espectrometria de masses LC-MS/MS (plataforma LC-MALDI)
  • Caracterització/Identificació microbiana per espectrometria de masses MALDI-TOF

Genòmica

  • Síntesi d'oligonucleòtids
  • Anàlisi quantitatiu i qualitatiu (integritat) d’àcids nucleics
  • Amplificació automàtica d’ADN (PCR)
  • Genotipat de ratolins
  • Sexat d'embrions de pollastre i ratolí
  • Seqüenciació d’ADN per electroforesi capil·lar automàtica (Seqüenciació Sanger)
  • Seqüenciació massiva: NGS_Illumina
  • Identificació genòmica de microorganismes:
    • Seqüenciació Sanger fragments 16S/ITS.
    • Seqüenciació NGS 16S/ITS
  • Anàlisi de fragments d’ADN per electroforesi capil·lar automàtica
  • Quantificació absoluta i relativa de mRNA per PCR en temps real
  • Discriminació al·lelica per PCR en temps real
  • Variació gènica per PCR en temps real
  • Anàlisi de mutacions per High Resolution Melting (HRM)
  • Anàlisi de metil·lacións del DNA
  • Anàlisi de miRNA
  • Anàlisis de ncRNAs
  • Anàlisi d'ADN (oligonucleotids, genotipat d'SNPs) per espectrometria de masses MALDI-TOF
  • PCR digital (quantificació absoluta/relativa d'àcids nucleics, variació gènica, mutacions, etc.)
  • Lectura de microarrays d'ADN, proteïnes, teixits
  • Proba de parentiu, paternitat i perfil genètic
  • Nutrigenòmica
  • Sexat d'ocells

Lipidòmica

Podeu accedir a tota la informació a l'Adreça web del Servei.

 

Proteòmica

  • Equipament per la realització manual de la digestió en gel dels spots/bandes de proteïnes
  • Espectròmetre de masses tipus MALDI-TOF/TOF AutoFlex Speed amb Compass Software: flexControl v 3.3, flexAnalysis v 3.3 i Biotools v 3.2
  • Col·lector de fraccions cromatogràfiques en placa de MALDI Proteineer fcII amb software Hystar v 3.2
  • Cromatògraf nano-HPLC Easy nLC II amb software Hystar v 3.2
  • Software d'anàlisi de gels bidimensionals PDQuest v 8.0.1
  • Softwares d’anàlisi i gestió proteòmica WARP-LC v 1.2 i ProteinScape v 2.1
  • Motor de cerca de software per identificació de proteïnes mitjançant espectrometria de masses MASCOT server v 2.4

 

També es disposa d'instrumentació bàsica per a la preparació de mostres prèvia al seu anàlisi amb aquests equips.

Genòmica

  • Analitzador genètic GA3130 amb softwares d’anàlisi Data Collection v 3.0, Sequencing Analysis v 5.3.1, SeqScape v 2.6 i GeneMapper v 4.0
  • Termociclador  T100
  • Escàner de microarrays Axon Gene Pix 4100A amb softwares d’anàlisi GenPix Pro v 5.1. i Acuity v 3.0

 


També es disposa d'instrumentació bàsica per a la preparació de mostres prèvia al seu anàlisi amb aquests equips.

Proteòmica

Aplicacions principals en l’àrea de la Proteòmica

  • Quantificació de proteïnes per Western blot
  •  Proteòmica diferencial o d’expressió basada en gels bidimensionals

Separació de proteomes mitjançant l’ús de gels bidimensionals. Quantificació dels gels mitjançant equips d’adquisició d’imatges adients. Posteriorment, els gels de cada mostra són analitzats conjuntament amb el software PDQuest permetent així una quantificació acurada de les diferències en l’abundància de les proteïnes (spots) presents.

Una altra aplicació d’aquesta metodologia seria realitzar marcatge de grups d’interès en les proteïnes, p.ex. grups carbonils per detectar l’estat d’oxidació de les proteïnes, mitjançant derivatització de l’extracte proteic amb hidrazides fluorescents adients. Posterior a l’adquisició d’imatge de l’oxiproteoma, es fa un tintat de la proteïna total amb Flamingo per normalitzar. Posteriorment, els gels de cada mostra són analitzats conjuntament amb el software PDQuest permetent així una quantificació acurada de les diferències en el grau d’oxidació de les proteïnes presents en cada mostra.

  • Determinació de la massa molecular de proteïnes/pèptids per espectrometria de masses MALDI-TOF

També permet la caracterització de perfils peptídics i proteics per aplicacions com ara:
-  Estudi d’hidrolitzats de proteïnes

Caracterització de microorganismes pel seu perfil proteic. Disposant de bases de dades adients, es pot emprar també per a la identificació de microorganismes: Caracterització/Identificació microbiana per MALDI-TOF MS*.

  •  Identificació de proteïnes a gran escala, en mostres de complexitat mitjana, (p.ex. subproteomes, complexes proteics, ...) mitjançant LC-MALDI-MS/MS
  • Estudi de modificacions posttraduccionals
  •  Identificació peptídica de novo mitjançant digestió enzimàtica de proteïnes i posterior anàlisis MSMS, per fer la identificació per homologia de proteïnes de seqüències no descrites.

 

*Nou servei de caracterizació/identificació microbiana per MALDI‐TOF MS

El SCT ofereix l’espectrometria de masses MALDI‐TOF per determinar l’empremta proteica única d’un microorganisme (bacteris, llevats i fongs filamentosos), obtinguda a partir de les seves proteïnes més abundants, principalment les ribosomals. Aquesta empremta és característica per a la majoria dels microorganismes, permetent la seva identificació fiable i específica a nivell de gènere i espècie. Constitueix una alternativa precisa, ràpida, senzilla i de baix cost enfront als protocols tradicionals, el que l'ha convertit actualment en una eina indispensable en el diagnòstic microbiològic clínic (sistema MALDI Biotyper).

Amb el software específic, els espectres de massa generats amb el MALDI-TOF es preparen per obtenir l'empremta proteica, la qual permetrà l'identificació del microorganisme en base a la comparació dels mateixos enfront a les llibreries d'espectres depositats a diferents bases de dades.

Es poden generar llibreries pròpies i així disposar de bases de dades personalitzades i d’ús en la identificació dels microorganismes del nostre camp d’interès. El desenvolupament de projectes dirigits a la generació de noves bases de dades, a partir de les identificacions de microorganismes de mostres de diferents orígens (ambientals, processos Industriales, patògens, …), permetrà ampliar el camp d’aplicacions d’aquesta tecnologia.

Genòmica

Aplicacions principals en l’àrea de la Genòmica

  • Anàlisi de la integritat (qualitat) de l’ARN per aplicacions de PCR en temps real, PCR digital o microarrays
  • Seqüenciació Sanger d’ADN:  recerca de mutacions, verificació de clonatges, reseqüenciació, ...
  • Seqüenciació massiva d'àcids nucleics (NGS)
  • Identificació genòmica de bacteris/fongs mitjançant seqüenciació Sanger de fragments 16S/ITS o seqüenciació NGS completa 16S/ITS.
  • Estudis de genotipatge basats en diferents marcadors moleculars (SNPs, AFLP, RFLP, LOH, microsatèl·lits) mitjançant diferents metodologies d’anàlisi: electroforesi capilar automàtica, PCR en temps real (genotipat d´SNPs per discriminació al·lèlica), PCR digital
  • Anàlisi de variació gènica per MLPA o PCR en temps real/digital
  • Estudis d’expressió gènica mitjançant tècniques de PCR en temps real, PCR digital o microarrays
  • Anàlisi del perfil de miRNAs
  • Anàlisi d'expresió de miRNAs
  • Validació de resultats de microarrays i proteòmica diferencial per PCR en temps real
  • Anàlisi de metil·lacions del DNA
  • Cribatge d´SNPs utilitzant la metodologia HRM
  • Genotipat d´SNPs per espectrometria de masses MALDI-TOF
  • Estudis d’expressió proteica utilitzant microarrays d’anticossos
  • Detecció i quantificació de microorganismes i d'OGMs
  • Determinació de la càrrega viral

Responsable científic proteòmica

Dr. Joaquim Ros

Correu electrònic:

joaquim.ros@udl.cat

Responsable científic genòmica

Dr. Enric Herrero

Correu electrònic:

enric.herrero@udl.cat

Tècnic de suport

Isabel Sánchez

Correu electrònic:

isabel.sanchez@udl.cat

Telèfon: +34 973 70 24 77

Adreça

Campus Ciències de la Salut
Edifici Biomedicina 2, 4a planta, 4-7.
C/ Rovira Roure, 80, CP 25198, Lleida

Horari

De dilluns a dijous, de 8:30 a 16:30 hores, i divendres de 8:30 a 14:00 hores.

Telèfon
+34 973 70 24 77

 

Horari lliurament de mostres: de dilluns a dijous, de 9:00 a 16:00, i divendres de 9:00 a 13:30.